2011年，在南京市商务局等相关部门的大力支持和指导下，南京电子商务协会正式成立。协会是由从事电子商务经营、研发、教育及电子商务支撑体系建设的企事业单位自愿组成，实行行业服务和自律管理的全市性、行业性和非营利性的社会团体法人，接受业务主管单位南京市商务局和社团登记管理机关南京市民政局的业务指导和监督管理。

自成立以来，协会始终秉持着“服务企业、服务行业、服务社会经济发展”的宗旨，充分发挥作为政府与企业、行业之间沟通桥梁与紧密纽带的积极作用，不仅在政府与企业、行业各方的信息互通与协作上精准发力，更在推动行业自律规范、强化党建引领等多元维度上成效卓著，全方位、多层次地为电商企业行业提供服务。作为全国首批国家级电子商务示范城市与国家级跨境电商综合试验区的助力者，协会深度参与并见证了南京电商行业从政策试点到生态繁荣的跨越式发展，是推动我市经济建设和社会发展、服务构建新发展格局的重要力量。

目前，协会共有南京广电猫猫、雨润控股、卫岗乳业、苏豪、玺承控股、焦点科技等200余家会员单位，涵盖电子商务经营、教育研发以及服务支撑等领域，其中会长单位1家，副会长单位12家，理事单位34家，会员单位162家。协会下设跨境电商分会、农村电商分会、直播电商分会、法律服务委员会、电商投融资中心、电子商务人才评价中心等分支机构，进一步拓展服务维度，提升服务效能。